Penafsiran ilmiah Mahmud Yunus dalam karya tafsirnya, tidak mengikuti model sebagaimana yang telah ditempuh oleh mufassir ilmiah populer lainnya, semisal Tantawi Jauhari. dalam menafsirkan ayat-ayat Al-Quran secara ilmiah, Mahmud Ynus mengambil gayanya sendiri. ia berusaha menghindari penjelasan ilmiah per kata. ia hanya menjelaskan ayat atau beberapa ayat kemudian menghubungkannya dengan ilmu pengetahuan modern. buat Mahmud Yunus, menghubungkan Al-Quran dengan segala pengetahuan ilmiah adalah salah satu upaya untuk mendorong umat ISlam agar menguasai ilmu pengetahuan modern. serta dapat menimbulkan gairah umat ISlam untuk maju dan mengejar ketertinggalan untuk kemudian sejajar dengan negara barat.