Hasil penelitian menunjukkan bahwa konsep ikhtilaf Nahdhatul Ulama dan Muhammadiyah pada hakekatnya memiliki sumber yang sama yaitu Alquran dan Hadist, namun dalam penjabaran dalil-dalil atau nash yang terdapat didalam Alquran dan hadist mereka masing-masing memiliki metode tersendiri. Dikalangan Nahdhatul Ulama ada lembaga tersendiri yaitu Bahtsul Masa’il. Wadah menangani permasalahan-permasalahan furuiyyah dan juga masalah-masalah kontemporer sesuai dengan perkembangan zaman.Sedangkan dikalangan Muhammadiyah juga memiliki lembaga tersendiri pula yaitu Majelis Tarjih dan Tajdid. Lembaga ini juga sama tujuannya dengan Bahtsul Masa’il dikalangan Nahdhatul Ulama, yaitu menangani permasalahan-permasalahan furuiyyah dan masalah-masalah kontemporer sesuai dengan perkembangan zaman. Nahdhatul Ulama dan Muhammadiyah merupakan dua sayap negara Indonesia yang telah begitu banyak memberikan sumbangsi terhadap negara kita ini pada zaman pra kemerdekaan negara Indonesia. Oleh karena itu perbedaan yang terjadi diantara keduanya tidak perlu kita besar-besarkan atau tidak perlu di permasalahkan karena sumber utama dan tujuannya itu sama, yaitu Alquran dan Hadis dan kemashlahatan umat.