Meski baru sembuh dari infeksi otak (meningo encephatilis) pada 1992, Dr. Kuntowijoyo telah menulis cerita pendek Rumah yang Penghuninya Peri, yang kemudian terpilih sebagai cerita pendek terbaik Kompas tahun 1995. Situasi itu pula yang menempatkan buku terbarunya, Identitas Politik Umat Islam, menjadi lebih istimewa.
Tak ada apologi atas buku ini. Ia bisa berdiri sendiri tanpa pompaan sebagai suatu karya yang bermutu. Bahkan, berbeda dengan buku-bukunya yang lain, karyanya ini memberikan pencerahan pemikiran kepada pembacanya, terutama kepada umat Islam. Ia berbicara dengan pikiran yang jernih.