Berbagai kecendrungan baru Islam di Indonesia dewasa ini termasuk lahirnya generasi muslim tampa mesjid dieksplorasi secara tajam oleh kuntowijoyo dengan suatu metode yang disebutnya strukturalisme transendental.Inilah jurus paling baru Kunto dalam memahami,sekaligus menerapkan ajaran-ajaran Islam dalam konteks kekinian.