Pelbagai bentuk pemikiran yang muncul di NU harus ditangani hati-hati.Agar tidak menjadi perpecahan antara yang liberal dan konservatif.Dalam diskusi-diskusi yang mengemuka dalam muktamar muncul keinginan kuat untuk mengubah visi dan pemahaman terhadap Islam,yaitu Islam sebagai konsep etika moral.Para peserta mukhtamar telah membahas pelbagai hal antara lain epistemologi,yaitu konsep baik buruk dan otoritas yang menentukan baik buruk tersebut(naql dan aql),metodologi yaitu pemahaman teks yang dapat menangkap pesan-pesan etik moral dari agama yang berbeda dengan pesan-pesan ideologis dan strategi transformasi kesadaran etis yang dibangun dari agama keruang publik.