Pengesahan pembentukan kompilasi hukum Islam melalui instruksi presiden telah menimbulkan perdebatan sangat tajam yang seakan menjadi titik kulminasi dari perbedaan dan konflik panjang terutama antara kalangan Islam dan non Islam mengenai penerapan hukum Islam di Indonesia.Di kalangan intern umat Islam dalam proses pengambilan keputusan di pengadilan sering timbul masalah,sebab rujukan yang digunakan oleh pengandilan senantiasa beraneka ragam.