Mengelompokkan tumbuhan spermatophyta berdasarkan struktur kekerabatan tumbuhan antara yang satu dengan yang lainya tidak mudah. Karena disamping dibutuhkan kecermatan juga harus mempertimbangkan struktur anatomi morfologi,dan fisiologi yang dimiliki masing-masing tumbuhan. Bahkan dewasa ini telah dikenal pula pendekatan yang menggunakan asam nukleat dan protein sebagai dasar dalam pengelompokan tumbuhan atau dikenal juga istilah ADN.